En la cuenca Ariguanabo fueron identificados y caracterizados 88 focos contaminantes (66 son asentamientos poblacionales, 14 asociados a los centros de cría porcina y ocho son centros de producción y servicio) que en su gran mayoría no tienen tratamiento de ninguna naturaleza. Los valores de la demanda química de oxígeno (DQO), la demanda biológica de oxígeno (DBO5), el fósforo total (Pt) y los sólidos totales (ST) de los 14 focos muestreados, rebasan con creces los límites establecidos en la NC-27-2012. El aporte contaminante fundamental lo tienen los 66 asentamientos poblacionales con un predominio en la DBO5, la DQO, el nitrógeno total (Nt) y el Pt, aunque la producción porcina con solo 14 focos contabilizados es la responsable del 46 % de la DBO5, el 38 % de la DQO y más del 95 % de los ST y las grasas. El riesgo de contaminación de las aguas subterráneas es muy alto, máxime cuando el mayor número de focos (61%) se ubican en áreas del acuífero con grado de vulnerabilidad intrínseca entre alto y extremadamente alto y el valor de la carga contaminante dispuesta en la cuenca se ha venido incrementando en los últimos años.